准噶尔（蒙古语：''jekün γar'' “左手”），是厄拉特蒙古的一支。17世纪到18世纪，准噶尔部控制天山南北，在西起巴尔喀什湖，北越阿尔泰山，东到吐鲁番，西南至吹河、塔拉斯河的广大地区，建立史上最后的游牧帝国。宗教上他们信奉藏传佛教，对西藏也有一定的影响力。不过在19世纪由清朝几次军事行动灭亡。

    明末清初，准噶尔首领巴图尔珲台吉以伊犁为根据地兼并厄鲁特蒙古各部，压迫西方的哈萨克族。1670年巴图尔珲台吉的儿子僧格被杀后，他的异母弟噶尔丹夺得了准噶尔的统治权。1678年，西藏的五世达赖喇嘛赐噶尔丹可汗号，准噶尔汗国正式成立。此年噶尔丹出兵南疆，占领叶尔羌汗国，把广大维吾尔族地区置于其统治之下。1688年噶尔丹突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。1690年6月，噶尔丹又向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。同年，康熙帝决计亲征，组织左右两路大军，分别出古北口和喜峰口。8月1日，大战于乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内）。清军大败噶尔丹军，噶尔丹乘夜向北溃逃。
    噶尔丹战败后仍盘踞科布多地区，集合残部，休养生息，以期东山再起，不断骚扰边地安宁。1696年2月，康熙帝发兵10万，分三路大举出击。5月13日，西路军在昭莫多（今蒙古乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹军。1697年2月，康熙帝举行第三次平叛的军事行动，命费扬古、马恩哈分别统率两路大军，共6000人，由宁夏出发，进剿噶尔丹残部。4月康熙帝亲赴宁夏，指挥这次军事行动。正当清军进发之时，噶尔丹众叛亲离，军队只剩下五六百人，遂饮药自尽。又说被人杀害。
    噶尔丹败亡后，他的侄子策妄阿拉布坦继续任准噶尔部台吉，准噶尔部又逐渐强大起来，和清朝再次发生矛盾冲突。1716年，他派兵于西藏，占领拉萨。

    1718年清朝由青海路出兵入藏，不过全军覆没。1720年清朝第二次出兵才赶走准噶尔军。清朝和准噶尔军在吐鲁番方面也有战斗。
    1755年春，清军5万人分西北两路向伊犁进军。不到100天就到达伊犁。达瓦齐率兵6000人扼守伊犁西南的格登山（今新疆昭苏县境内），清军以25人夜袭达瓦齐大营，达瓦齐军惊溃，不战自降。达瓦齐仅带少数人仓皇南逃。可是，辉特部首领阿睦尔撒纳又叛变了。1757年初，清政府开始新的军事行动，分两路推进。准噶尔叛军在清军的追剿下，全线溃败。阿睦尔撒纳投奔沙俄。

    1759年8月，清军抵达喀什噶尔，平定了支持阿睦尔撒纳作乱的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟的叛乱。这年秋天，天山南路完全平定，清朝控制天山南北地区。